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家畜改良センターは農林水産省所管の独立行政法人であり，もともと農林水産省の種畜牧場という名称の組織だった経緯がある。
この家畜改良センターで獣医師でないものが雌の家畜から家畜体内受精卵を採取している。
家畜改良増殖法の第一一条の二に以下の記載がある
獣医師でない者は、雌の家畜から家畜体内受精卵を採取し、又はこれを処理してはならない。ただし、学術研究のためにする場合、自己の飼養する雌の家畜から家畜体内受精卵を採取し、又はこれを処理する場合その他農林水産省令で定める場合は、この限りでない。
家畜改良センターには獣医師はいることはいるが，家畜体内 受精卵を採取する現場には居合わせることはなく，家畜体内受精卵証明書等必要書類に判子だけを押されているという実態がある。
事実，獣医師が休みの日にも家畜体内受精卵を採取し，証明書に印鑑を押している。
家畜体内受精卵の採取のみならず，OPU（経膣採卵）など獣医師だけしか行えない他の行為に関しても同様の事を行っている。
家畜改良増殖法によると学術研究の目的であればこの限りではないという記載もあるが，家畜改良センターでは体内受精卵を採取した雌の家畜を市場に出しており，学術研究の目的に飼養しているとは言いがたい。
日産の無資格検査問題も記憶に新しい中，独立行政法人でもずさんな管理が行われている。